內政部警政署基隆港務警察局福澳分駐所訂於99年1月1日掛牌成立，自福建省連江縣警察局，接管馬祖福澳港區安全維護工作，回歸警政體制常態。
福澳港為馬祖南竿島主要的海上門戶，由福澳港搭船可往來臺灣、莒光、東引與北竿之間，係馬祖與臺灣及各離島間的交通樞紐，加上從90年1月1日起試辦兩岸小三通通航業務以來，客貨航運及觀光旅遊等蓬勃發展，治安維護工作，更加重要。
依據警察法、商港法等相關法令，港務警察應屬警政署掌理的專業警察業務，過去福澳港區治安是由連江縣警察局支援，在連江縣政府爭取下，警政署核定由基隆港務警察局成立福澳分駐所接管，回歸警政常態。
基隆港務警察局表示，福澳分駐所訂於99年1月1日正式掛牌成立，考量治安、環境，將派駐7名員警，負責福澳港區治安維護工作，為民眾提供服務，並協助處理違反港務法令等有關事項。該所地址：福建省連江縣南竿鄉福澳村129號，電話：0836-23550，民眾如於福澳港區內有需要服務或協助事宜，可逕洽該單位處理。